Plateforme bioinformatique GénoToul de la Génopole de Toulouse

Nom du projet / Région

- Plate-forme Bioinformatique GénoToul
- Midi-Pyrénées


Site web

http://bioinfo.genotoul.fr

Formations


Année de création
2000


Responsables scientifiques et techniques

  • Responsable scientifique :
    • Christine Gaspin
  • Responsable technique :
    • Christophe Klopp

Localisation

- Toulouse


Participants (laboratoires, universités, entités, industries)

Essentiellement laboratoires de recherche publique régionaux (>30) ayant
des besoins dans le domaine de la bioinformatique. Les ressources utilisées sont la puissance de calcul, l’espace de stockage et les ressources spécifiques à la bioinformatique (logiciels, banques de données).


Moyens humains (équivalent temps plein)

- 7


Moyens informatiques et puissance crête théorique actualisée (processeurs, réseau d’interconnexion, stockage)

Mise à disposition de ressources matérielles / logicielles / banques de
données, expertise, hébergement de projets, calculs parallélisés, formation, appui aux programmes scientifiques dans le domaine de la bioinformatique.

Serveurs :
- Une vingtaine de serveurs physiques sous Linux
- Une centaine de machines virtuelles

Calcul :
- Un cluster de calcul composé d’une centaine de noeuds avec chacun :
48 coeurs, 384Go de ram (AMD 2012)
40 coeurs (hyperthreading), 256Go de ram (INTEL 2014)
- Deux machines hypermem avec chacune 32 coeurs, 1To de ram
- Une machine SMP avec 240 coeurs (hyperthreading) et 3To de ram
- Deux îlots de stockage GPFS hautes performances de 210To + 158To utiles (données temporaires de calcul non sauvegardées)

Stockage (au total 1Po) :
- Une baie de disques capacitive NAS, évolutive et répliquée et historisée sur site distant (données pérennes à sauvegarder)
- Deux baies de disques NAS en réplication su site distant
- Une baie de disques SAN : hébergement de machines virtuelles

Réseaux : 10 Gigabit Ethernet + Infiniband QDR :

- Puissance crête théorique : 45 Teraflop/s


Types de codes (expertise), domaines d’application

- Comparaison de séquences (blast), annotation (eugene), assemblage (cap3, newbler, tgicl)
- + autres logiciels de bioinformatique


Nombre moyen d’utilisateurs

800 comptes utilisateurs à ce jour


Accueil | Contact | Plan du site | | Statistiques du site | Visiteurs : 2351 / 404478

Suivre la vie du site fr  Suivre la vie du site Mésocentres  Suivre la vie du site Les mésocentres en France  Suivre la vie du site Midi-Pyrénées   ?

Site réalisé avec SPIP 3.0.17 + AHUNTSIC

Creative Commons License