GenOuest

Nom du projet / Région

- GenOuest
- Bretagne, Pays de la Loire (Biogenouest)


Site web

http://www.genouest.org/

Formations


Année de création

2001 (associé jusqu’au 30/06/2006 au PCIO - Pôle de Calcul Intensif de
l’Ouest, date où ce dernier a été arrêté et où nous avons continué pour
les services en bio-informatique).


Responsables scientifiques et techniques

  • Responsable scientifique :
    • Jacques Nicolas
  • Responsable technique :
    • Olivier Collin

Localisation

- Rennes


Participants (laboratoires, universités, entités, industries)

Des laboratoires académiques, biologistes, bio-informaticiens (INRA, AFSSA, Inserm, Inria, Univ-Rennes1) principalement membres de Biogenouest.

- INRIA/IRISA UMR 6074, Rennes
- Inserm U522 Régulation des équilibres fonctionnels du foie normal et pathologique, Rennes
- U620 Remodelage pulmonaire et xéno biotique, Rennes
- U456 Détoxication et réparation cellulaire, Rennes
- U425 Groupe d’étude de la reproduction chez le mâle et le mammifère, Rennes
- UMR 6026 Interactions cellulaires et moléculaires, Rennes
- UMR 6061 Génétique et développement, Rennes
- Laboratoire de Génétique Animale. (UMR ENSAR-INRA 598 ), Rennes
- UMR118 Amélioration des plantes et biotechnologies végétales INRA Le Rheu
- Agenae (Analyse du génome des animaux d’élevage) INRA Toulouse
- Unité MIG (Math, Info, Génome) INRA Jouy en JOSAS
- UMR Physiologie moléculaire des semences Angers
- UMR 1259 Génétique et horticulture (genhort) Angers
- UMR 6197 IFREMER Microbiologie des environnements extrêmes, Brest
- Inserm U533 Plate-forme transcriptome, Nantes
- INRA Scribe Sexualité et reproduction des poissons, Rennes
- CNRS FR 2424 service informatique et génomique Station biologique de Roscoff
- LERIA Laboratoire d’études et de recherche en informatique d’Angers
- LIM Laboratoire d’informatique médicale CHU Rennes


Moyens humains (équivalent temps plein)

- 3 permanents (2,5 ETP) + 5 CDD (5 ETP)


Moyens informatiques et puissance crête théorique actualisée (processeurs, réseau d’interconnexion, stockage)

La plate-forme GenOuest dispose de plusieurs clusters :

Cluster principal :
- 14 nœuds de calcul SGI Altix XE 250 (Intel Xeon E5462 2.80 GHz (8 cores) et 64 Go de mémoire)
- 7 noeuds de calcul Dell R710 (Intel Xeon X5550 2,66 Ghz (16 cores) et 144 Go de mémoire)
- 1 noeud de calcul Dell R910 (Intel Xeon E7-4850 2,00 Ghz (80 cores ) et 512 Go de mémoire)

Cluster GPU :
- 1 noeud de calcul Dell R710 (Intel Xeon E5540 2,53 Ghz (16 cores) et 48 Go de mémoire) + 4 carte Nvidia GPU S1070 ( 240 cores et 4 Go de mémoire )
- 2 noeuds de calcul HP SL390 ( Intel Xeon X5675 3.07 Ghz (24 cores) et 48 Go de mémoire) + 3 carte Nvidia GPU M2090 ( 512 cores et 6 Go de mémoire )

Cloud privé :
- 2 noeuds de calcul Dell R710 (Intel Xeon E5640 2,67 Ghz (16 cores) et 64 Go de mémoire)
- 1 noeud de calcul Dell C6100 qui contient 4 machines (Intel Xeon X5650 2,67 Ghz (24 cores) et 96 Go de mémoire)
- 1 noeud de calcul Dell R510 (Intel Xeon X5650 2,67 Ghz (24 cores) et 96 Go de mémoire) + 24 To disques

Cluster GRISBI :
- Cluster expérimental de 2 serveurs R900 (2*6 coeurs Xeon E7450 2,4 Ghz et 128 Go de mémoire) dédié au projet GRISBI.
- 2 noeud de calcul Dell R510 (Intel E5620 2,40 Ghz (8 cores) et 2 Go de mémoire) + 24 To disques

- Stockage : 60 To Panasas , 20 To Cloud et 60 To pour le cluster GRISBI.

- Puissance crête théorique : 3,8 Teraflop/s


Types de codes (expertise), domaines d’application

- Bio-Informatique


Nombre moyen d’utilisateurs

- en interactif : 200 comptes ouverts - 250 000 jobs/mois en moyenne pour 2011.
- par le portail web (non authentifiés) : en moyenne 3000 visiteurs
uniques / mois


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