Suivez

la liste

Contexte :
La microscopie moderne dans le domaine de la recherche biologique génère de larges données en grande quantité. Leur traitement et analyse constituent un véritable défi du fait du temps et ressources nécessaires à l’exécution des différents outils informatiques de quantification. Pour répondre à cette problématique, nous construisons une nouvelle librairie scientifique de traitement et d’analyse d’image se reposant sur la puissance de calcul des récentes cartes graphiques ainsi que sur une architecture multi-langage permettant d'impacter l'ensemble des applications scientifiques utilisées à ce jour.

Mission :
Le/la stagiaire évoluera au sein du Hub d'Analyse d'Image de l'Institut Pasteur de Paris, spécialisé dans l'analyse et quantification scientifique d'images de microscopie. Le stage a pour objectif la participation de l'étudiant.e au développement de la librairie de traitement d'images. Portant le nom “clEsperanto”, le projet est le fruit d'une collaboration internationale qui a pour but de faciliter l'accès aux technologies GPU pour les scientifiques. Sa conceptualisation repose sur une architecture unifiée permettant les liens entre : (i) une couche principale, developpée en C++, en charge de la gestion et communication avec les ressources GPU et (ii) un ensemble de couches API de différents langages (Python, Java, etc.) permettant l'utilisation et l'intégration de la librairie dans différents logiciels d'analyse scientifique.
L'étudiant.e se joindra à l'équipe de développement en participant à un ou plusieurs axes du projet :

  • développement C++ de la librairie principale ;
  • développement et déploiement d'une interface C++ - Python ;
  • mise en place d'une structure d'intégration et déploiement continus ;
  • étude de faisabilité et déploiement sur serveurs GPU ;
  • création de documentation et animation d'ateliers de démonstration.

Profil :
Étudiant.e en informatique, ou similaire, niveau M1, M2, ou école d'ingénieurs, vous aimez travailler dans un environnement multiculturel et avez un attrait pour le domaine scientifique et ses applications dans le domaine bio-médical. Vous êtes motivé.e à contribuer à un projet collaboratif innovant et open source au sein d’un institut de renommée mondiale. Vous avez une bonne maitrise des langages C++ et Python, ainsi qu'une connaissance des concepts programmation orientée objet. En lien avec l'aspect international du projet, une capacité à communiquer en anglais, écrit et oral, est vivement conseillée. Des notions en technologie et langage de programmation GPU, parallélisation, et déploiement logiciel sont appréciées mais pas nécessaires.