Descriptif de la formation

Présentation

La part grandissante de l’informatique et de la simulation dans la plupart des champs disciplinaires conduit à la production de données en quantités de plus en plus importantes. C’est le cas par exemple en biologie avec le séquençage des différents génomes, en astronomie avec la multiplication des images transmises par les sondes ou les observatoires, en météorologie avec la simulation des phénomènes atmosphériques et leur visualisation, en sciences expérimentales avec l’accroissement de la taille et de la complexité des expériences, ou encore en mécanique des fluides avec des calculs de plus en plus gourmands en entrées/sorties.
Par ailleurs, l’augmentation de la puissance des machines de calcul et la particularité de leur architecture massivement parallèle permettent aux chercheurs de progresser dans la complexité des simulations numériques qu’ils réalisent, par exemple en accroissant la taille des domaines géométriques utilisés pour modéliser les problèmes. Si cette augmentation est plutôt bien maîtrisée au niveau calculatoire, il n’en va pas de même pour la gestion des entrées et sorties des codes de calcul, ce qui pose des problèmes par exemple en vue de leur couplage ou plus simplement de l’exploitation des résultats. Le volume de données ne doit pas devenir un facteur bloquant.
Ainsi l’objectif de cette formation est d’approfondir les techniques relatives à ces grandes masses de données : structuration des fichiers et des données, entrées/sorties adaptées , visualisation. Pour cela, la formation dressera un panel des méthodes, formats et outils existants ... afin de permettre aux participants de choisir les éléments les plus adaptés à leur pratique quotidienne.

Objectifs

Cette formation propose une approche à la fois théorique et pratique, afin que les participants soient rapidement opérationnels sur les techniques étudiées dès leur retour dans leur laboratoire.

Les objectifs principaux de cette formation sont d’apporter aux stagiaires les bases théoriques et pratiques liées de façon générale aux entrées/sorties des codes de calcul.

Différents points seront abordés :

- Problématique générale des entrées/sorties séquentielles et parallèles
- Format de fichier HDF5, NetCDF
- Routines d’E/S parallèles dans les codes scientifiques :MPIIO …
- Visualisation a posteriori
- Visualisation in situ

Les pré-requis pour cette formation sont :

- expérience en développement de code de calcul.

Cette formation prendra la forme de cours théoriques qui seront complétés par des parties pratiques.

Intervenants
Nous remercions les intervenants et leurs organismes d’appartenance :
- Jean Favre, CSCS, Lugano
- Matthieu Haefele, Max Planck Institute fur plasmaphysics, Garching
- Julien Jomier, société Kitware, Lyon
- Alban Schmutz, Oxalya
- Philippe Wautelet, IDRIS, Orsay


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